在一大堆广告啊预告片之后，终于出现了熟悉的东宝。然后是引子。引子很简单，八年前，在新泻的一个叫做北泽的小村庄，一名名叫立原冬马的小学一年级孩子被我们所熟悉的“谜之黑影”追赶，慌慌张张地在雪地上逃命。脚一滑跌下山坡，血流满面地昏死过去。黑影见状离开。
接着就是电影标题《沉默的十五分钟》，然后是万年不变的介绍，大家看以前的剧场版即可……唯一更新的是关于滑板，嗯，这货又进化了，变成雪地旱地两用了。自不必说，是为了适应这次剧场版的背景，那个白雪皑皑的北国。
随着柯南经典的pose和“真相只有一个”，正戏开始。
在列车东都线开通的几日前，警方得到了恐吓东京都知事的恐吓信，说是要知事为曾经的胡作非为付出代价。因此在东都线开通庆典当日，目暮白鸟佐藤高木甚至小五郎都去做保镖。而另一边，柯南灰原还有那三个小屁孩，当天也跟博士一起出游。当然了，柯南的心思在恐吓事丵件上，一路上目不转睛地盯着手机的电视直播。可惜一进隧道，没信号了。
这时候知事和一干保镖们搭乘了首发列车。隧道的列车道在上，柯南他们所在的汽车道在下，也就是列车在柯南他们的头上跑（真是无论何时何地何事都能跟柯南小盆友扯上关系……掩面）。过隧道的时候，柯南忽然发现路边站着一个可疑的黑影拿着一个不明物体，因为车速关系一闪而过。但联想到恐吓信以及头上的列车，柯南怀疑是恐吓者要引爆隧道，手里拿的自然是引爆器。由于隧道内不能回转，博士不得不将车开出隧道后在高速公路边停下。柯南立刻将元太推下车（……柯南小盆友我知道情况危急，但你也太狠了……直接从后门摔下来会脑震荡哎= =），然后踏着滑板在车流中逆向穿梭（这孩子越来越胆大越来越牛逼了），一边穿梭还一边打电话给目暮警部，用新一的声音要求立刻停车（OMG你能想象驾驶着滑板在高速隧道迎着车流逆向行驶还能腾出手打电话吗？）当然列车闻讯紧急刹车，而柯南又做出更牛叉的举动，举着滑板拦在路中间，将车流堵在爆炸区域之外。十五秒后炸丵弹引爆，列车尽管紧急停车依然被爆破流带着冲出隧道，在高速公路横冲直撞好几百米才停下来。总之，这段还是很有冲击力的。
之后是例行记者招待会。因为新一一如既往要求低调，所以白鸟说打电话叫停车的是警方协力者。柯南的举动，被说成受毛利小五郎的指导……嗯，当然毛利本人坐在旁边一头雾水……至于犯人，除了不明，不明，还是不明，各种不明。
一帮孩子也在博士家里边吃点心边看记者发布会，三个小孩还在埋怨没提到少年侦探团（囧）。柯南根据知事的资料，得知知事还在国土交通省的时候，曾经负责在新泻北泽村修建大坝。因为亲民和善的作风，几乎所有村民都同意迁移。只有一个人从头至尾反对。柯南怀疑恐吓事丵件与该村有关，打算去北泽村调查。三个小孩也闹着要去，灰原说如果博士去她也去——因为要“监视”博士的饮食。结果最后，不仅一帮孩子<?xml:namespace prefix = st1 />和博士去了，小兰园子毛利大叔也去了……不去戏就不好看了= =b
银白色的北国，疯玩，疯吃，外加博士的冷谜题。柯南独自去事务所，要北泽村和大坝的地图。在事务所碰上两名男子也来索要地图，其中一名男子不小心将电击棒掉落在地。男子捡起来的时候解释自己经常出行野外，用来防身。柯南回去的时候，发现元太居然吃撑了去医院（居然吃了那么多章鱼烧和烤鱿鱼……难怪光彦说元太是铁肚皮）。女医生立原冬美开了药。众人离开后，冬美进入房间，静静地看着昏睡在床上的少年。
晚上，毛利大叔满怀欣喜地去泡混浴温泉，却错把猕猴当美女（噗，这段很喜感）。小兰园子还有小盆友们则去买礼物。孩子们兴奋地讨论给小林老师带什么，熊馒头还是纪念手袋。灰原则拿起一个印有天鹅的口杯。原来反面印的字是“我爱白鸟（天鹅）！”白鸟警部和小林老师顿时打了个喷嚏。
在园子的怂恿下，小兰打电话给新一，问问想要什么礼物。柯南急急忙忙逃出去躲在树下接电话。于是两人背靠背地打手机。柯南蹲在树下，在雪地上写下了小兰所说的三种礼物“熊馒头，手袋，天鹅杯子”。然后柯南说那就手袋吧，说着在手袋那行字上画了个圈。
正聊着，三个孩子忽然兴奋地冲出旅馆。柯南马上一句“回头再聊”挂了电话。刚追出去不远，忽然想起那三行字没擦，回去已经来不及了。小兰站在树下，对着那三行字呆呆地站了许久。
画面一转，三个孩子居然去玩雪橇车！还飞出去了！开出村子了！更牛逼的是，还翻车把雪橇弄坏了……无奈用无线电找柯南求助，柯南又联系了旅馆的人。等待救援的过程中光彦和元太互相责备争吵起来，被柯南阻止：“语言犹如利刃，一时偏差，可能会失去一生的挚友。”运气不错，一名叫武藤的男子开车路过，将众人接回旅馆。原来武藤是来见小学同学的。一共五人，除了武藤，还有女医生冬美，旅馆负责人远野水树，以及事务所要地图的两人，山尾和携带电击棒防身的冰川。这五人不仅是小学同学，关系还特纠结。山尾八年前出过车祸，开车撞死了一名少女，这名少女是水树的妹妹夏树。武藤就是从头至尾反对修建大坝的村民，因此一直对出卖村子的冰川怀恨在心。看着这纠结的五人，众人选择默默回房。
睡前小兰向园子说出了新一的电话以及雪地字迹之事，并说觉得新一一直在身边。
第二天清早，三个小孩又冲出去了，说要玩打雪仗。柯南和灰原虽然一向PASS，这次却被挑逗得童心大起，一帮小孩从旅馆一直打到医院。昏睡在床上的少年被欢笑声惊醒，开窗，用结结巴巴的日语要求一起玩。这名少年就是八年前坠崖昏死的冬马，昏睡八年后虽然已经十五岁，心智却只有七岁，而且对八年前的事完全没有印象。母亲冬美喜极而泣，而冬马却说“太好了，平安见到妈妈了”。
一行人送冬马去健康检查，毛利大叔看到美丽的水树小姐又开始勾搭了，什么眼镜不好看啊还是隐形好啊，弄得小兰很不爽。没想到午后水树真的换了发型戴了隐形眼镜，带柯南他们去看天鹅。结果在山道上发现了死亡的冰川，电击棒也被夺走了。
此时，水树提到了十五分钟生命时间。在雪山中救援，从出事到发现，十五分钟决定生死。
新泻警方例行公事，一问都没不在场证明。PS，那个警丵察的口气……非常好笑……电影院一片低笑声
翌日清早，众人发现冬马在“小黑”的墓前哭。小黑是冬马很喜欢的邻家小狗，八年前发现昏迷在山坡下的冬马的就是小黑。众人安慰他的时候，忽然下起了冰晶，冬马看到冰晶似乎对以前的记忆有所反应，感到头痛。
吃过早饭，三个小屁孩就把冬马约出去了，说是去看看天鹅的话说不定会回忆出什么，因为八年前冬马就是拿着望远镜去看天鹅出的事（狐狸发现这三个孩子就是喜欢没事找事，从而推动剧情的前进= =）。柯南到冬马家发现冬马不在，却遇到了冬马的小学同学。那个女孩给柯南一幅蜡笔画，画的是小黑，说是当初冬马送给她的。画是折叠的，画面折在里面。柯南忽然想起那晚冰川说起山尾撞死人的时候，拿出了当时报道的报纸，新闻那面却是朝外。一般来说为了保护内容都会记在里面。起疑心的柯南偷偷进入冰川的房间，拿出那张纸，发现另一面记录的是东京珠宝店抢劫杀人案，跟车祸居然是同一天。
是巧合吗？柯南正在思索，外面忽然传来爆炸声，通信塔被炸毁，固话和手机都没法使用。柯南急忙用无线电召回灰原，两人驾驶滑板带着灰原去追冬马。此时冬马他们已经遭到狙击，逃入一个小山洞，这简直是自找死路。柯南和灰原气的教训了他们一顿。但事已至此无可奈何，一行人在山洞中摸索出路。柯南一边急于赶去大坝，一边说了自己的推理。
八年前的珠宝店抢劫杀人犯，就是山尾。山尾在东京犯事后，带着珠宝驾车逃回北泽，却在村外撞死了夏树。之后害怕被抓，暴露抢劫一事，山尾将珠宝藏匿在北泽的祖母家中，选择自首交通肇事。但是肇事现场被冬马目击，珠宝也被看到，所以他追杀冬马灭口，导致冬马坠落。没想到等他服刑归来，原来的北泽村已经被淹没在水库里。所以他接下来的计划，很有可能是炸毁大坝。至于冰川，从他收藏的那张新闻来看，他是因为得知山尾抢劫而被杀人灭口的。而在东京恐吓知事炸毁列车，当然是为了嫁祸给反对修坝，对知事怀恨在心的武藤。如今看到有记忆恢复迹象的冬马，他自然淡定不能了。
抵达大坝后，柯南让三个孩子陪伴冬马，灰原去找武藤，自己则去事务所通知炸弹一事。没想到事务所人员被电击棒打晕。灰原用无线电联络，说武藤也被电击棒击晕。通话中柯南遭到山尾袭击，一路逃到大坝上。危急时刻，赶到的水树一枪击中山尾的肩头，山尾在争夺引爆器未果之后，被柯南的麻醉枪射中。
终于灰原，博士，武藤，冬马，以及三个孩子赶到了。冬马一看到水树不禁失声：“是那个时候的大姐姐！虽然没戴眼镜，但不会错的！”
“果然是这样，所以你才接受毛利大叔的建议，改发型戴隐形吧。就是为了不让冬马回忆起来。八年前追杀冬马的不是山尾，而是你。”
原来八年前在村口，水树与妹妹夏树争吵，失手将夏树推到路中央。恰好此时山尾驾车冲过来，造成车祸。而冬马不幸目击了。
“当然，我相信大姐姐虽然因为灭口而狙击冬马，但最终没有杀意。”柯南继续解释，“按刚才大姐姐的身手，不可能一路上都射偏。”
真相虽然大白，炸弹却爆炸了（这也是剧场版惯例，破案后平安结束的案子是没有的）。大坝开始泄漏，下游的北泽村岌岌可危。柯南让一行人先逃，自己则踏着滑板在洪流碎石间飞跃，寻找阻止毁灭村庄的方法。闻讯前来的小兰园子以及毛利大叔，看到大坝爆炸，立即调转车头。前面车在逃，后面洪水在追。小兰猛然发现了山道上疾驰的身影：“柯南！”
此时柯南已经决定，靠雪崩促使洪流改道，保护村庄。但浸水的滑板出现异常，冒着黑烟停下来。愤恨不已的柯南跪在雪地上大骂“混蛋”，双拳狠狠地砸在雪地上。受到大吼震动的山体开始巨颤，雪崩爆发。柯南强制启动滑板在山道上左冲右突，企图逃避雪崩。小兰更是恐惧地大喊“快逃啊柯南君！”
在柯南驾驶滑板一跃而起的瞬间，他看到了从车窗探出头惊恐交加满是担忧的脸。
“兰……”
随后柯南被雪崩吞没。小兰叫得撕心裂肺。
雪崩成功地阻碍了洪流，挽救了村庄。一行人开始了挖掘柯南的行动。埋在雪下的柯南虽然听到小兰的呼喊，却动不了，也出不了声，再次昏迷过去。
小兰拿出手机拨打柯南的电话，双手一直在颤抖：“求求你，一定要接通。”
来电铃声想了，大家迅速循声找寻。小兰刨出了柯南的手机，但挖得十指鲜血淋漓，也不见柯南的身影。
十五分钟生死时间，只剩一分钟不到。
绝望的小兰留着眼泪拨打了新一的号码，带着哭腔大喊：“如果你就在身边的话，请救救我们，新一！”
感到手机震动的柯南再次苏醒，拼尽力气按了腰带的按钮。足球破雪而出，从而告知了自己的所在。众人终于将其救出。小兰抱着柯南泪流满面。
最后……该进局子喝茶的去喝茶，该回家的回家，该买礼物的买礼物，该疗养的去疗养。毛利大叔依然催促着大家快点回东京，因为他要赶着回去看洋子的节目……over。
最后的最后……柯南剧场版第十六弹，《充满鲜血的竞技场》制作决定！
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